微生物肥料本身一般并不含有作物生長所需要的營養元素，而是通過微生物的生命活動，改善作物營養條件，如固定空氣中的氮素，參與養分的轉化，促進作物對復養分的吸收，分泌各種激素刺激作物根系發育，抑制有害微生物的活動等，以達到促進作物生長的目的。 微生物肥料的種類很多，按其制品中特定的微生物種類分為細菌肥料、放線菌肥料（制如抗生菌類）、真菌類肥料（如菌根真菌類）、固氮藍藻肥料等。知根據其作用不同，微生物肥料可分為五大類： （1）有固氮作用的菌肥，包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮藍藻肥料等。 （2）分解土壤有機物的菌肥道，包括有機磷細菌肥料和復合細菌肥料。 （3）分解土壤中難溶性礦物的菌肥，包括硅酸鹽細菌肥料、無機磷細菌肥料等。

有三種利用微生物直接作為農藥利用微生物的產生物（代謝物）作為農藥以生物與化學相結合的方法開發新農藥

生物菌肥促進作物對土壤養分利用的菌肥，包括菌根菌肥料等。 抗病及刺激作物生長的菌肥，包括抗生菌肥、增產菌肥等。